Na całym obszarze pomiędzy Zanskarem na zachodzie a Doliną Nubry na wschodzie wciąż odkrywa się neolityczne rysunki naskalne przedstawiające głównie zwierzęta, szczególnie często - ibeksy.
Pierwsi współcześni osadnicy docierają do Ladakhu z zachodu (Dardowie - Ariowie pochodzący z rejonów obecnego północnego Pakistanu i Kaszmiru - dzisiaj żyjący głównie w regionie Dha-Hanu) oraz z ze wschodu (Tybetańczycy - głównie region Rupshi). Historię Ladakhu determinowało od wieków jego położenie na szlakach handlowych karawan zmierzających ku Indiom, Tybetowi i Azji Centralnej.

Pomiędzy VI a IX w. n.e. Ladakh był celem ekspansji silnych sąsiadów - Kaszmiru, Tybetu i Chin. Ostatecznie region dostał się pod panowanie tybetańskie, zawładnęła nim linia tybetańskich władców, która w 842 roku opuściła Tybet i opanowała Ladakh, Spiti i Zanskar. Pierwszym królem Ladakhu został Pelgigon a działo się to w połowie X w. Do IX w. naszej ery główne związki utrzymywano z Kaszmirem, później siłą rzeczy na pierwszy plan wychodzi Tybet. Z tego właśnie okresu pochodzi istniejący do dziś klasztor lamajski w Alchi założony przez rządzącego w latach 1080-1110 Lhachena Uptalę. Buddyzm był obecny na terenie Ladakhu już dużo wcześniej, być może nawet od II w., wówczas buddyjski był oczywiście Kaszmir i wpływy pochodzą prawdopodobnie właśnie stąd. Jedynie wschodni Ladakh praktykował, podobnie jak ówczesny Tybet, animistyczną religię bon. Kolejni znani nam władcy to Trashigoin (1200-1230) oraz Lotroi-chogden (1440-1470). Za czasów panowania dwóch ostatnich miały miejsce częste najazdy wojsk kaszmirskich w wyniku których zachodni Ladakh przeszedł w ręce muzułmanów a pozostała część zostaje podzielona na Dolny Ladakh rządzony przez Takpabuma z Basgo oraz Górny Ladakh, którego władcą zostaje Takbumde z Leh. Król Bhagen (21470-1500) - potomek władców Basgo jednoczy kraj, przyjmuje imię Namgyal (Zwycięzca) i zakłada dynastię panującą po dziś dzień. Następne lata to ataki Mongołów odparte w połowie XVI w. przez Tashi Namgyala, fundatora górującego nad Leh fortu. Za czasów władania kolejnego króla - Tsewanga Namgyala Ladakh rozrasta sie aż po tereny obecnego Nepalu.
Kolejni władcy - Jamyang Namgyal i Senge Namgyal (1616-1642) pomimo początkowych sukcesów tak na niwie militarnej jak i ekonomicznej i społecznej (z tych czasów pochodzą wielkie klasztory np. Hemis czy przedstawiony na zdjęciu powyżej pałac w Leh) tracą suwerenność na rzecz Imperium Mogolskiego. Od tej pory faktyczną władzę w regionie, pomimo buddyjskiej większości mieszkańców, sprawują muzułmanie. Król Deldan Namgyal (1642-1694) zobowiązuje się do wybudowania w Leh meczetu.

Deldan popada także w konflikt z Dalaj Lamą pozostając osamotniony wobec islamskiej ekspansji. Ladakh z czasem coraz bardziej traci swe znaczenie. Rządzący w latach 1705-1734 Nima Namgyal stabilizuje sytuację w krainie. Kolejni władcy wciąż buddyjskiego Ladakhu muszą jednak deklarować się jako muzułmanie i bezwzględnie płacić coroczny trybut Mogołom z Indii, który choć nałożony już wiele lat wcześniej był przez kolejnych władców ignorowany.
Ta względna autonomia kończy się w roku 1834 kiedy to sikhijski władca Ranjit Singh po upadku Imperium Mogołów podbija Ladakh i włącza do Kaszmiru. Król Ladakhu Tshespal Namgyal zostaje uwięziony w pałacu w Stok. Tutaj też rezyduje jego linia do dziś.
Pod naciskiem Brytyjczyków szlak handlowy między Indiami a Tybetem i Turkiestanem wiodący przez Ladakh ponownie nabiera znaczenia. Z Tybetu do Indii przewożono wełnę i herbatę, w drugą stronę zaś - żywność i przedmioty codziennego użytku masowo wytwarzane na terenie Indii. 27-go października 1951 roku Ladakh oficjalnie stał się częścią Indii. W tym również roku zamknięto granice z Tybetem co ucięło wszelkie kontakty handlowe.